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染色质免疫共沉淀（ChIP）在染色质处理中有哪些方法？
染色质免疫共沉淀（ChIP）在染色质处理中有哪些方法？
染色质免疫共沉淀(ChIP)作为研究DNA与蛋白质之间相互作用的方法。它不仅可以检测出体内DNA与反式因子的动态作用，而且还可以被用于研究蛋白质的各种修饰作用。
它的实验步骤并不复杂，顺序依次为细胞破裂、DNA与蛋白质交联、染色质处理、用特异性抗体结合目的DNA或蛋白质沉淀、洗脱、DNA回收、后是用PCR或芯片分析目的DNA。在这些过程中，染色质处理是一个重要的环节。很多人都知道这个过程中一般使用超声法处理。但是它还有另一种方法，那就是酶切试剂盒处理，但这个方法鲜为人知。现在，让我们一起来探索这些方法的优缺点。
超声波法：
用这种方法处理染色质是需要用到超声波破碎仪。这个方法的显著优点是有效快速，这也是许多人喜欢这种方法的原因，一般我们都会为这种方法选择合适的试剂盒一起。一般推荐使用ChIP-IT Express。
但是这个方**受到细胞类型的限制，并且温度不易控制以及容易形成泡沫，从而导致蛋白质变性，影响ChIP的结果。而且这个方法处理条件非常苛刻，会让DNA以及DNA与蛋白质结合受到损伤，从而影响ChIP的效率。还有这个方法的实验重复性难以掌握并且需要仪器，花费可能比较大。作为初学者，并不建议用此方法。
酶切试剂盒处理法：
这个方法如其名，就是用酶来处理染色质。这个方法的好处有如下几点：
1、效果好：它可以让绝大多数的DNA片段达到1到几个核小体，相对于超声法来说，它处理染色质更精致，并且更均一。
2、处理条件温和，对DNA以及DNA与蛋白质之间的结合损伤性小，并且蛋白质不容易变性，而且ChIP效果也会更高。
3、它还有一个重要的优点就是可以进行非交联的ChIP。
4、这个过程不需要超声波破碎仪。
抗体包埋吸附法：
其实，除了以上两种方法，还有另外一种方法对于初学者来说，就更容易掌握了。那就是抗体包埋吸附法。主要优点如下：
1、操作简捷、方便、整个处理过程不到5小时；
2、提供chip所需的所有试剂；
3、在96孔板上操作，适用高通量分析。
5、适用于新鲜组织和冰冻样本。
