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染色质免疫共沉淀(ChIP)在染色质处理中有哪些方法?

染色质**共沉淀(ChIP)在染色质处理中有哪些方法?

    染色质**共沉淀(ChIP)作为目前研究DNA与蛋白质之间相互作用的方法。它不仅可以检测出体内DNA与反式因子的动态作用,而且还可以被用于研究蛋白质的各种修饰作用。

   它的实验步骤并不复杂,顺序依次为细胞破裂、DNA与蛋白质交联、染色质处理、用特异性抗体结合目的DNA或蛋白质沉淀、洗脱、DNA回收、后是用PCR或芯片分析目的DNA。在这些过程中,染色质处理是一个重要的环节。很多人都知道这个过程中一般使用超声法处理。但是它还有另一种方法,那就是酶切试剂盒处理,但这个方法鲜为人知。现在,让我们一起来探索这些方法的优缺点。

超声波法:

用这种方法处理染色质是需要用到超声波破碎仪。这个方法的显著优点是有效快速,这也是许多人喜欢这种方法的原因,一般我们都会为这种方法选择合适的试剂盒一起。一般推荐使用ChIP-IT Express。

但是这个方**受到细胞类型的限制,并且温度不易控制以及容易形成泡沫,从而导致蛋白质变性,影响ChIP的结果。而且这个方法处理条件非常苛刻,会让DNA以及DNA与蛋白质结合受到损伤,从而影响ChIP的效率。还有这个方法的实验重复性难以掌握并且需要仪器,花费可能比较大。作为初学者,并不建议用此方法。

酶切试剂盒处理法:

这个方法如其名,就是用酶来处理染色质。这个方法的好处有如下几点:

1、效果好:它可以让绝大多数的DNA片段达到1到几个核小体,相对于超声法来说,它处理染色质更精致,并且更均一。

2、处理条件温和,对DNA以及DNA与蛋白质之间的结合损伤性小,并且蛋白质不容易变性,而且ChIP效果也会更高。

3、它还有一个重要的优点就是可以进行非交联的ChIP。

4、这个过程不需要超声波破碎仪。

抗体包埋吸附法:

其实,除了以上两种方法,还有另外一种方法对于初学者来说,就更容易掌握了。那就是抗体包埋吸附法。主要优点如下:

1、操作简捷、方便、整个处理过程不到5小时;

2、提供chip所需的所有试剂;

3、在96孔板上操作,适用高通量分析。

5、适用于新鲜组织和冰冻样本。

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